O curso de Engenharia Sanitária foi instituído na UFSC no ano de 1978, sendo rebatizado de Engenharia Sanitária e Ambiental em 2004. Ele foi implantado devido à uma carência na área de Saneamento constatada pelo PLANASA, o Plano Nacional de Saneamento. Hoje o curso é conhecido como um dos melhores da América Latina.
O Engenheiro Sanitarista e Ambiental formado na UFSC tem diversas áreas de atuação que lidam diretamente com o bem estar humano e o planejamento sustentável das atividades exercidas em sociedade. São algumas delas: sistemas de gestão ambiental, controle de poluição atmosférica e das águas, projeto de estações de tratamento de água e esgoto, gestão de recursos hídricos, projeto e gestão de obras hidráulicas e recuperação de áreas degradadas. O profissional é habilitado pelo sistema Confea/CREA através das resoluções 310/86 e 447/00.
O Departamento de Engenharia Sanitária e Ambiental (ENS), criado em 1986, localiza-se no centro tecnológico da universidade e é o espaço onde se encontram a maior parte das estruturas relacionadas ao curso, como coordenadoria, secretaria, empresa júnior, atlética, laboratórios e salas de aula.